การย่อยอาหารในลำไส้เล็กมี  2  วิธี
การย่อยเชิงกล  (Mechanical Digestion)  มีแบบสำคัญคือ
     1.  การหดตัวเป็นจังหวะ  (Rhythmic Segmentation)  เป็นการหดตัวที่ช่วยให้อาหารผสมคลุกเคล้ากับน้ำย่อย  หรือช่วยไล่อาหารให้เคลื่อนที่ไปยังทางเดินอาหารส่วนถัดไป  อาจมีจังหวะเร็ว  15-20 ครั้ง/นาที  หรือช้า  2-3 ครั้ง/นาที
     2. เพอริสตัลซิส  (Peristalsis)เป็นการหดตัวของกล้ามเนื้อทางเดินอาหารเป็นช่วง ๆ  ติดต่อกัน  การเคลื่อนไหวแบบนี้จะช่วยผลักอาหาร  หรือบีบไล่อาหารให้เคลื่อนที่ต่อ
    การย่อยทางเคมี  (Chemical Digestion)  บริเวณดูโอดีนัม  จะมีน้ำย่อยจากแหล่งต่าง ๆ มาช่วยย่อย